La région Auvergne-Rhône-Alpes comprend 260 sites, dont 213 sites au titre de la Directive Habitats et 47 sites au titre de la Directive Oiseaux. L’ensemble couvre une superficie 938 450 ha, soit 13,3 % de la région.
Ces sites n’abritent pas moins de 66 espèces d’oiseaux inscrites en annexe I de la directive Oiseaux, 72 espèces (animales -hors oiseaux- ou végétales) d’intérêt communautaire et près de 79 habitats naturels retenus au sein de la directive Habitats.
Depuis le 1er janvier 2023, les Régions ont à charge la gestion des sites Natura 2000 terrestres. En ce qui concerne la Région Auvergne Rhône-Alpes, l'animation de la plupart des sites a été confiée aux Parcs naturels régionaux, aux Conservatoires des espaces naturels, aux Réserves naturelles nationales. La Région a récupéré la gestion directe des sites dits "emblématiques".
